Allélotypage

L'allélotypage est une technique de biologie moléculaire donnant la possibilité la détermination des fréquences relatives des allèles.



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Technique de biologie moléculaire - Génétique

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L'allélotypage est une technique de biologie moléculaire donnant la possibilité la détermination des fréquences relatives des allèles.

Principe

Le principe consiste à augmenter par PCR des séquences microsatellites, dispersées sur le génome et localisées entre les séquences codantes des gènes ou dans de grands introns. Ils sont hautement polymorphes dans une population, mais particulièrement stables chez un individu donné.

Application

Cette technique permet la classification phénotypique de certaines tumeurs solides. Après l'augmentcation des microsatellites choisis par PCR, les augmentats sont scindés sur gel dénaturant avec un séquenceur automatisé. Cet appareil permet, par une technique de marquage non radioactive des produits de PCR, de déterminer leur taille, par conséquent le nombre de répétitions de la séquence microsatellite, et de les quantifier. Un microsatellite est dit informatif si après migration, il apparaît deux pics dont chacun représente l'augmentcation de la séquence microsatellite portée par chaque allèle : cela veut dire que le nombre de répétitions du microsatellite est différent entre les 2 allèles. Le microsatellite est dit non informatif si un seul pic est observé : cela veut dire que le nombre de répétitions du microsatellite est semblable entre les 2 allèles. Le rapport de la hauteur des deux pics de chaque microsatellite augmenté à partir de l'ADN des cellules tumorales est comparé au rapport des pics obtenus à partir de cellules non tumorales du même individu. Ceci sert à calculer le pourcentage du remaniement allélique selon la formule :

Pourcentage du remaniement allélique = ( (b/a) Tissu tumorale – (b/a) Tissu non tumorale) / (b/a) Tissu non tumorale
a et b représentant la hauteur des deux pics de chaque séquence microsatellite augmentée.

Ce pourcentage du remaniement allélique traduit la proportion de tissu tumorale ayant une altération au locus reconnu : on parle de remaniement allélique. Une variation des rapports entre tissu tumoral et tissu non tumoral supérieure à une valeur seuil calculée à partir d'une population témoin est reconnue comme une altération. Cependant, cette méthode ne permet pas de distinguer une délétion d'une augmentcation allélique.

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