Liaison génétique

La liaison génétique sert à désigner le fait que deux allèles de deux gènes différents sont transmis ensemble d'un individu à sa descendance.



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La liaison génétique (ou genetic linkage) sert à désigner le fait que deux allèles de deux gènes différents sont transmis ensemble d'un individu à sa descendance. Attention à distinguer liaison génétique de liaison physique : deux gènes qui se trouvent sur le même chromosome sont physiquement liés, mais peuvent être génétiquement indépendants, on dit tandis qu'ils sont syntènes. Pour qu'il y ait liaison génétique, la distance qui les sépare doit être inférieure à 50 centimorgans. Les allèles de ces deux gènes, allèles localisés sur le même chromosome, définissent un haplotype.

En théorie, plus la distance entre deux locus de deux gènes est faible, moins il y a de risques qu'un crossing-over ne les sépare lors de la méïose, par conséquent moins le phénotype qui découlera des différents gamètes obtenus changera des phénotypes parentaux pour les caractères étudiés. Cette observation permet d'en déduire la distance génétique entre deux gènes. On détermine la distance génétique entre deux locus en étudiant la fréquence des phénotypes après un croisement :

LOD score

A partir des probabilités de transmission des allèles de deux gènes observées dans la descendance, il est envisageable d'établir un score qui quantifie le degré de liaision génétique, c'est le LOD score (acronyme anglophone de logarithm of odds, logarithme des probabilités) construit par Newton E. Morton. France

Le LOD score est défini comme le logarithme décimal du rapport de la probabilité d'observation d'une famille sous l'hypothèse d'une liaison d'une distance Q entre deux loci à la probabilité d'observation de cette même famille sous l'hypothèse d'indépendance (Q = 0.50)  :

 Z(q) = Log10 \frac{L\ (\ Q\ )\ }{L\ (\ 1/2\ )\ }

Une liaison est déclarée significative quand le LOD score, ou le cumul des scores obtenus pour différentes familles, est supérieur ou égal à 3. Une liaison peut être définitivement exclue, pour une valeur Q donnée, quand le LOD score est strictement inférieur à -2. La valeur la plus élevée du score (>3, ce qui veut dire au moins mille fois plus vraisemblable sous l'hypothèse Q que sous l'hypothèse d'indépendance) calculé pour diverses valeurs de Q correspond au maximum de vraisemblance pour la valeur Q correspondante.

En règle, on débute par des valeurs de Q choisies de 5% en 5%, soit 0%, 5%, 10%, ... 45%. Et on affine de 1 en 1% aux alentours du maximum du score obtenu pour les valeurs précédentes.

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