SuperSAGE

La technique SuperSAGE est une évolution récente de la technologie d'analyse de l'expression génique en série. Comme dans la technique SAGE, une «étiquette» spécifique de chaque gène transcrit est récupérée de l'ADNc.



Catégories :

Génétique appliquée - Génétique - Biologie moléculaire - Technique de laboratoire

Page(s) en rapport avec ce sujet :

  • Page d'accueil · nouvelle commande · Run24Barcode étiquettes · Codes barres pour... Séquençage de tags UTR (SAGE, LongSAGE, SuperSAGE, CAGE, 3'UTR, 5'UTR)... (source : gatc-biotech)

La technique SuperSAGE est une évolution récente de la technologie d'analyse de l'expression génique en série (SAGE). Comme dans la technique SAGE, une «étiquette» spécifique de chaque gène transcrit est récupérée de l'ADNc. Par séquençage et dénombrement de chaque étiquette, le est déterminé, indiquant les gènes effectivement exprimés, mais aussi leur niveau d'expression.

Principe

Dans la technique SuperSAGE, une nouvelle endonucléase est utilisée. il s'agit désormais de EcoP15l (du phage P1), une endonucléase de type III, générant des étiquettes d'une longueur de 26pb[1]. La taille de l'étiquette est ainsi augmentée d'au moins 6 paires de bases comparé aux techniques antérieures SAGE et LongSAGE.

Avantages

Chaque base supplémentaire de l'étiquette augmente la précision de l'annotation des transcrits, cet accroissement de la taille diminue la possibilité qu'une étiquette soit présente sur deux ARN différent.

Les nouvelles métodes de séquençage d'ADN permettent le séquençage direct de millions d'étiquettes, produisant des analyses de quantitatives et précises.

L'annotation des étiquettes étant plus précise, la méthode superSAGE permet d'aperfectionner les caractéristiques suivantes.

  1. Identification d'isoformes transcriptionnelles (représentant des variants d'épissage) peuvent être identifiées.
  2. Identification de nouveaux gènes exprimés.
  3. Identification de microARN
  4. Utilisation sur des échantillons complexes, plusieurs organismes
  5. Conception d'amorces hautement spécifique pour la PCR (comme 3'-5'-RACE), ou de sondes spécifiques pour le criblage des clones d'une banque d'ADNc, à partir des étiquettes identifiés.

Références

  1. (en) Hideo Matsumura, Stefanie Reich, Akiko Ito, Hiromasa Saitoh, Sophien Kamoun, Peter Winter, Günter Kahl, Monika Reuter, Detlev H. Krüger, and Ryohei Terauchi, «Gene expression analysis of plant host–pathogen interactions by SuperSAGE», dans PNAS, no 100, 2003, p.  15718–15723 [texte intégral lien PMID] 

Liens externes

Recherche sur Amazon (livres) :



Ce texte est issu de l'encyclopédie Wikipedia. Vous pouvez consulter sa version originale dans cette encyclopédie à l'adresse http://fr.wikipedia.org/wiki/SuperSAGE.
Voir la liste des contributeurs.
La version présentée ici à été extraite depuis cette source le 17/09/2009.
Ce texte est disponible sous les termes de la licence de documentation libre GNU (GFDL).
La liste des définitions proposées en tête de page est une sélection parmi les résultats obtenus à l'aide de la commande "define:" de Google.
Cette page fait partie du projet Wikibis.
Accueil Recherche Aller au contenuDébut page
ContactContact ImprimerImprimer liens d'évitement et raccourcis clavierAccessibilité
Aller au menu